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prod release #384

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Mar 18, 2026
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prod release #384

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e1d360b
fix(darwincore): corrige exportação CSV e associações do modelo (#371)
feliperm17 Mar 18, 2026
190e595
Corrigindo a ficha tombo com a listagem dos identificadores (#377)
luscas18 Mar 18, 2026
69869f9
Coreção campos: Family, State or Prov., Elevation e Notes (#378)
feliperm17 Mar 18, 2026
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105 changes: 64 additions & 41 deletions src/controllers/darwincore-controller.js
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Expand Up @@ -19,6 +19,7 @@ const {
Subfamilia,
Autor,
Coletor,
ColetorComplementar,
Variedade,
Subespecie,
ColecaoAnexa,
Expand Down Expand Up @@ -47,6 +48,21 @@ function obtemNomeArquivoCsv() {
return `hcf_${data}.csv`;
}

function csvEscape(valor) {
if (valor === null || valor === undefined) {
return '';
}
const str = String(valor);
if (str.includes(',') || str.includes('"') || str.includes('\n') || str.includes('\r')) {
return `"${str.replace(/"/g, '""')}"`;
}
return str;
}

function csvLinha(campos) {
return campos.map(csvEscape).join(',');
}

const obterModeloDarwinCoreLotes = async (limit, offset, request, response) => {
const entidadeTombo = await Tombo.findAll({
limit,
Expand Down Expand Up @@ -87,6 +103,7 @@ const obterModeloDarwinCoreLotes = async (limit, offset, request, response) => {
'relevo_id',
'solo_id',
'coletor_id',
'cidade_id',
],
include: [
{
Expand Down Expand Up @@ -177,6 +194,10 @@ const obterModeloDarwinCoreLotes = async (limit, offset, request, response) => {
{
model: Coletor,
},
{
model: ColetorComplementar,
as: 'coletor_complementar',
},
{
model: Genero,
},
Expand Down Expand Up @@ -210,8 +231,7 @@ const obterModeloDarwinCoreLotes = async (limit, offset, request, response) => {
const paisCodigo = tombo?.cidade?.estado?.paise?.sigla ?? '';
const paranaNome = tombo?.cidade?.estado?.nome ?? '';
const cidadeNome = tombo?.cidade?.nome ?? '';
const vegetacao
= tombo.locais_coletum && tombo.locais_coletum.vegetacao ? tombo.locais_coletum.vegetacao.nome : '';
const vegetacao = tombo.vegetaco ? tombo.vegetaco.nome : '';
const familiaNome = tombo.familia ? tombo.familia.nome : '';
const generoNome = tombo.genero ? tombo.genero.nome : '';
const especieNome = tombo.especy ? tombo.especy.nome : '';
Expand All @@ -223,17 +243,20 @@ const obterModeloDarwinCoreLotes = async (limit, offset, request, response) => {
if (tombo.variedade) {
menorNomeCientifico = tombo.variedade.nome;
}
if (tombo.especy && tombo.especy.autore) {
autores = tombo.especy.autore.nome;
if (tombo.especy && tombo.especy.autor) {
autores = tombo.especy.autor.nome;
}
if (tombo.sub_especy && tombo.sub_especy.autore) {
autores += `| ${tombo.sub_especy.autore.nome}`;
if (tombo.sub_especy && tombo.sub_especy.autor) {
autores += `| ${tombo.sub_especy.autor.nome}`;
}
if (tombo.variedade && tombo.variedade.autore) {
autores += `| ${tombo.variedade.autore.nome}`;
if (tombo.variedade && tombo.variedade.autor) {
autores += `| ${tombo.variedade.autor.nome}`;
}
if (tombo.coletores && tombo.coletores.length > 0) {
coletores = tombo.coletores.map(coletor => padronizarNomeDarwincore(coletor.nome)).join(' | ');
if (tombo.coletore) {
coletores = padronizarNomeDarwincore(tombo.coletore.nome);
if (tombo.coletor_complementar?.complementares) {
coletores += ` | ${tombo.coletor_complementar.complementares}`;
}
}
if (tombo.data_coleta_ano) {
dataColeta = tombo.data_coleta_ano;
Expand Down Expand Up @@ -281,41 +304,43 @@ const obterModeloDarwinCoreLotes = async (limit, offset, request, response) => {
tombo.tombos_fotos.forEach(foto => {
const dataAtualizacao = format(tombo.updated_at, 'yyyy-MM-dd');

let linha = [
`PreservedSpecimen\tColecao\tpt\t${dataAtualizacao}\t02.032.297/0005-26\t`,
'UTFPR\tHerbario da Universidade Tecnologica Federal do Parana – Campus Campo Mourao – HCF\t',
`${license}\tUTFPR\t{"barcode":${foto.codigo_barra}}\tBr:UTFPR:HCF:${tombo.hcf.toString()}`,
`${foto.id.toString()}\t${tombo.hcf.toString()}${foto.id.toString()}\t${coletores}\t`,
`${tombo.numero_coleta}\t\t${tombo.observacao}\t${dataColeta}\t`,
`${tombo.data_coleta_ano}\t${tombo.data_coleta_mes}\t${tombo.data_coleta_dia}\t`,
`${vegetacao}\t${'América do Sul'}\t${paisNome}\t${paisCodigo}\t${paranaNome}\t`,
`${cidadeNome}\t${tombo.altitude}\t${tombo.altitude}\t\t\t${tombo.latitude}\t`,
`${tombo.longitude}\t${'WGS84'}\t${'GPS'}\t${'Plantae'}\t${familiaNome}\t${generoNome}\t`,
`${especieNome}\t${menorNomeCientifico}\t${tombo.nome_cientifico}\t${autores}\t${tombo.taxon}`,
`\t${tombo.nomes_populares}\t\t${nomeTipo}\t${nomeIdentificador}\t${dataIdentificacao}`,
`\t${identificationQualifier}`,
].join('');
const campos = [
'PreservedSpecimen', 'Colecao', 'pt', dataAtualizacao, '02.032.297/0005-26',
'UTFPR', 'Herbario da Universidade Tecnologica Federal do Parana – Campus Campo Mourao – HCF',
license, 'UTFPR', `{"barcode":"${foto.codigo_barra}"}`, `Br:UTFPR:HCF:${tombo.hcf}`,
tombo.hcf, coletores,
tombo.numero_coleta, '', tombo.observacao, dataColeta,
tombo.data_coleta_ano, tombo.data_coleta_mes, tombo.data_coleta_dia,
vegetacao, 'América do Sul', paisNome, paisCodigo, paranaNome,
cidadeNome, tombo.altitude, tombo.altitude, '', '', tombo.latitude,
tombo.longitude, 'WGS84', 'GPS', 'Plantae', familiaNome, generoNome,
especieNome, menorNomeCientifico, tombo.nome_cientifico, autores, tombo.taxon,
tombo.nomes_populares, '', nomeTipo, nomeIdentificador, dataIdentificacao,
identificationQualifier,
];
let linha = csvLinha(campos);
linha = linha.replace(/(null|undefined)/g, '');

linhasProcessadas.push(`${linha.replace(/[\r\n]/g, '')}\n`);
});
} else {
const dataAtualizacao = format(tombo.updated_at, 'yyyy-MM-dd');

let linha = [
`PreservedSpecimen\tColecao\tpt\t${dataAtualizacao}\t02.032.297/0005-26\t`,
'UTFPR\tHerbario da Universidade Tecnologica Federal do Parana – Campus Campo Mourao – HCF\t',
`${license}\tUTFPR\t{"barcode":}\tBr:UTFPR:HCF:${tombo.hcf.toString()}`,
`\t${tombo.hcf.toString()}\t${coletores}\t`,
`${tombo.numero_coleta}\t\t${tombo.observacao}\t${dataColeta}\t`,
`${tombo.data_coleta_ano}\t${tombo.data_coleta_mes}\t${tombo.data_coleta_dia}\t`,
`${vegetacao}\t${'América do Sul'}\t${paisNome}\t${paisCodigo}\t${paranaNome}\t`,
`${cidadeNome}\t${tombo.altitude}\t${tombo.altitude}\t\t\t${tombo.latitude}\t`,
`${tombo.longitude}\t${'WGS84'}\t${'GPS'}\t${'Plantae'}\t${familiaNome}\t${generoNome}\t`,
`${especieNome}\t${menorNomeCientifico}\t${tombo.nome_cientifico}\t${autores}\t${tombo.taxon}`,
`\t${tombo.nomes_populares}\t\t${nomeTipo}\t${nomeIdentificador}\t${dataIdentificacao}`,
`\t${identificationQualifier}`,
].join('');
const campos = [
'PreservedSpecimen', 'Colecao', 'pt', dataAtualizacao, '02.032.297/0005-26',
'UTFPR', 'Herbario da Universidade Tecnologica Federal do Parana – Campus Campo Mourao – HCF',
license, 'UTFPR', '{"barcode":""}', `Br:UTFPR:HCF:${tombo.hcf}`,
tombo.hcf, coletores,
tombo.numero_coleta, '', tombo.observacao, dataColeta,
tombo.data_coleta_ano, tombo.data_coleta_mes, tombo.data_coleta_dia,
vegetacao, 'América do Sul', paisNome, paisCodigo, paranaNome,
cidadeNome, tombo.altitude, tombo.altitude, '', '', tombo.latitude,
tombo.longitude, 'WGS84', 'GPS', 'Plantae', familiaNome, generoNome,
especieNome, menorNomeCientifico, tombo.nome_cientifico, autores, tombo.taxon,
tombo.nomes_populares, '', nomeTipo, nomeIdentificador, dataIdentificacao,
identificationQualifier,
];
let linha = csvLinha(campos);

linha = linha.replace(/null|undefined/g, '');

Expand All @@ -330,9 +355,7 @@ export const obterModeloDarwinCore = async (request, response, next) => {

const limit = request.query.limit > 1000 ? 1000 : request.query.limit || 1000;

const quantidadeTombos = await Tombo.count(
{ distinct: true },
);
const quantidadeTombos = await Tombo.count({ col: 'hcf' });

const cabecalho = colunasComoLinhaUnica();

Expand Down
13 changes: 10 additions & 3 deletions src/controllers/fichas-tombos-controller.js
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Expand Up @@ -235,9 +235,16 @@ export default function fichaTomboController(request, response, next) {
const dataTombo = new Date(tombo.data_tombo);
const romanoDataTombo = (`${dataTombo.getDate()}/${romanos[dataTombo.getMonth()]}/${dataTombo.getFullYear()}`);

const identificador = tombo.identificadores?.[0]?.nome
&& tombo.identificadores?.[0]?.nome.toLowerCase() !== 'não-identificado'
? tombo.identificadores?.[0]?.nome
const identificador = tombo.identificadores && tombo.identificadores.length > 0
? tombo.identificadores
.filter(ident => ident.nome && ident.nome.toLowerCase() !== 'não-identificado')
.sort((a, b) => {
const ordemA = a.tombos_identificadores?.ordem || 0;
const ordemB = b.tombos_identificadores?.ordem || 0;
return ordemA - ordemB;
})
.map(ident => ident.nome)
.join('; ')
: '';

const romanoDataIdentificacao = formataDataIdentificacao(
Expand Down
14 changes: 8 additions & 6 deletions src/controllers/splinker-controller.js
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Expand Up @@ -45,6 +45,7 @@ const obterModeloSPlinkerLotes = async (limit, offset, request, response) => {
'data_identificacao_ano',
'data_coleta_dia',
'observacao',
'descricao',
'nomes_populares',
'numero_coleta',
'updated_at',
Expand Down Expand Up @@ -138,7 +139,8 @@ const obterModeloSPlinkerLotes = async (limit, offset, request, response) => {

tombos.forEach(tombo => {
const kingdom = tombo.familia?.reino?.nome || '\t';
const family = tombo.familia?.nome || '\t';
const familyName = tombo.familia?.nome;
const family = (familyName && familyName.toLowerCase() !== 'indeterminada') ? familyName : '\t';
const genus = tombo.genero?.nome || '\t';
const species = tombo.especy?.nome || '\t';
const scientificNameAuthor = tombo.especy?.autor?.nome || '\t';
Expand All @@ -156,7 +158,7 @@ const obterModeloSPlinkerLotes = async (limit, offset, request, response) => {
const collectorName = tombo.coletore?.nome || '\t';
const collectorNumber = tombo.numero_coleta || '\t';
const country = tombo.locais_coletum?.cidade?.estado?.paise?.nome || '\t';
const stateOrProvince = tombo.locais_coletum?.cidade?.estado?.sigla || '\t';
const stateOrProvince = tombo.locais_coletum?.cidade?.estado?.sigla?.trim() || '\t';
const city = tombo.locais_coletum?.cidade?.nome || '\t';
const locality = tombo.locais_coletum?.descricao || '\t';
const latitude = tombo.latitude
Expand All @@ -165,7 +167,7 @@ const obterModeloSPlinkerLotes = async (limit, offset, request, response) => {
const longitude = tombo.longitude
? converteDecimalParaGrausMinutosSegundos(tombo.longitude, true, true)
: '\t';
const elevation = tombo.altitude + ' m' || '\t';
const elevation = tombo.altitude ? `${tombo.altitude} m` : '\t';
const identificationDate = [
tombo.data_identificacao_ano,
tombo.data_identificacao_mes?.toString().padStart(2, '0'),
Expand All @@ -174,11 +176,11 @@ const obterModeloSPlinkerLotes = async (limit, offset, request, response) => {
.filter(Boolean)
.join('-');
const identifierName = tombo.identificadores
? tombo.identificadores.map(i => i.nome).join(', ')
? tombo.identificadores.map(i => i.nome).join(';')
: '\t';
const notes = tombo.tombos_fotos?.length > 0
? `${tombo.tombos_fotos.map(foto => `[BARCODE=${foto.codigo_barra}]`).join(' , ')} ${tombo.observacao || '\t'}`
: tombo.observacao || '\t';
? `${tombo.tombos_fotos.map(foto => `[BARCODE=${foto.codigo_barra}]`).join(' , ')} ${tombo.descricao || '\t'}`
: tombo.descricao || '\t';

const linha = [
kingdom,
Expand Down
81 changes: 45 additions & 36 deletions src/controllers/tombos-controller.js
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Expand Up @@ -681,61 +681,72 @@ export const desativar = (request, response, next) => {
export const listagem = (request, response, next) => {
const { pagina, limite, offset } = request.paginacao;
const {
nome_cientifico: nomeCientifico, hcf, tipo, nome_popular: nomePopular, situacao,
nome_cientifico: nomeCientifico,
hcf,
tipo,
nome_popular: nomePopular,
situacao,
codigo_barra_foto,
} = request.query;

let where = {
rascunho: false,
};

if (nomeCientifico) {
where = {
...where,
nome_cientifico: { [Op.iLike]: `%${nomeCientifico}%` },
};
where.nome_cientifico = { [Op.iLike]: `%${nomeCientifico}%` };
}

if (hcf) {
where = {
...where,
hcf,
};
where.hcf = hcf;
}

if (tipo) {
where = {
...where,
tipo_id: tipo,
};
where.tipo_id = tipo;
}

if (nomePopular) {
where = {
...where,
nomes_populares: { [Op.iLike]: `%${nomePopular}%` },
};
where.nomes_populares = { [Op.iLike]: `%${nomePopular}%` };
}

if (situacao) {
where = {
...where,
situacao,
};
where.situacao = situacao;
}

let include = [
{
model: Coletor,
attributes: ['id', 'nome'],
required: false,
},
];

if (codigo_barra_foto) {
include.push({
model: TomboFoto,
where: {
codigo_barra: codigo_barra_foto,
},
attributes: ['id', 'codigo_barra', 'tombo_hcf'],
required: true,
});
}

let retorno = { // eslint-disable-line
let retorno = {
metadados: {
total: 0,
pagina,
limite,
},
tombos: [],
};

Promise.resolve()
.then(() => Tombo.count({ where }))
.then(() => Tombo.count({
where,
include: codigo_barra_foto ? include : [],
distinct: true,
}))
.then(total => {
retorno.metadados.total = total;
})
.then(() => Tombo.findAndCountAll({
.then(() => Tombo.findAll({
attributes: [
'hcf',
'nomes_populares',
Expand All @@ -744,21 +755,19 @@ export const listagem = (request, response, next) => {
'data_coleta_mes',
'data_coleta_ano',
'created_at',
'coletor_id',
'tipo_id',
],
include: {
model: Coletor,
attributes: ['id', 'nome'],
required: false,
},
include,
where,
subQuery: false,
order: [['hcf', 'DESC']],
limit: limite,
offset,
}))
.then(listaTombos => {
retorno.tombos = listaTombos.rows;
response.status(codigos.LISTAGEM)
.json(retorno);
retorno.tombos = listaTombos;
response.status(codigos.LISTAGEM).json(retorno);
})
.catch(next);
};
Expand Down
2 changes: 1 addition & 1 deletion src/resources/darwincore/cabecalho.js
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Expand Up @@ -52,5 +52,5 @@ const colunas = [
export default colunas;

export function colunasComoLinhaUnica() {
return `${colunas.join('\t')}\n`;
return `${colunas.join(',')}\n`;
}
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